Con la nueva institución, heredera de los principios de la Institución Libre de Enseñanza, se pretendía terminar con el aislamiento español y enlazar con la ciencia y la cultura europeas, además de preparar al personal encargado de llevar a cabo las reformas necesarias en las esferas de la ciencia, la cultura y la educación. De este modo, el esfuerzo por reformar, por regenerar el país, pasaba a ser una empresa nacional, independiente de los vaivenes políticos, en la que se implicaba a intelectuales de diferente ideología. 

El programa científico y cultural desarrollado por la Junta para la Ampliación de Estudios e Investigaciones Científicas no sólo representó el proyecto más innovador para España desde 1907 a 1939, con la creación de laboratorios, centros de investigación, dotación de becas para estudiar en el extranjero, etc., sino que puso en contacto a los principales pensadores y científicos de España con los de otros países y continentes, posibilitando una nueva forma de acercamiento de los pueblos a través de la cultura y de la ciencia.